Dans le pays de Clow, vivent Shaolan et Sakura, qui s'aiment secrètement, malgré leurs différences sociales: Shaolan est un jeune archéologue, alors que Sakura est la princesse du Royaume.
Un jour, lors d'une attaque ennemie, survient une catastrophe: Sakura perd sa mémoire pour des raisons mystérieuses. Shaolan, grâce au prêtre du Royaume, change de dimension avec Sakura, afin d'aller chez Yuko, la Sorcière des Dimensions. La Sorcière a le pouvoir de faire changer les gens de dimensions, en échange d'une compensation, la chose la plus importante pour chaque personne.
Là-bas, il rencontre Kurogane, un ninja, et Fye, un magicien. Tous viennent de dimensions différentes, et tous souhaitent voyager à travers les mondes.
Avec l'aide de Mokona, ils vont à travers les dimensions, afin de trouver la mémoire de Sakura, sous forme de plumes. Mais Shaolan a dû laisser une chose précieuse à la sorcière pour pouvoir voyager à travers les dimensions: les souvenirs de Sakura le concernant seront à jamais effacés de la mémoire de Sakura...
